9. bölüm kapatılmıştır ve bir çok operatörü japonyadan ayrılıp Ghost adında bir paralı asker grubu oluşturmuştur.Motoko Kusanagi ve Ghost'un diğer üyeleri, çok geçmeden, kurtarma görevi olması gereken bir görev üzerinde iyi bağlantıları olan bir Amerikalı için çalışmaya zorlanır. Bu arada, yeni Japon başbakanı Daisuke Aramaki'yi Dokuzuncu Bölümü yeniden açmakla görevlendirdi.Eski çalışanlarının çoğu ülke dışındayken Aramaki, Ghost'un nerede olduğunu öğrenmek ve onlarla iletişim kurmak için Togusa'ya döner.