Yakın gelecekte insanlık etten makineye tam vücut nakli yapabilir duruma geldi. Hem fiziksel hemde sibernetik hünerde büyük artışlara ve iki dünya arasındaki çizgileri bulanıklaştırmaya başladı. Suçlular bu teknolojiden yararlanarak tehlikeli suçlar işleyebilmektedir. Bu tür sonuçlarla ilgilenmek için bağımsız faaliyet gösteren bir polis birimi olan bölüm 9 kuruldu.Daisuke Aramaki ve Motoko Kusanagi liderliğindeki Bölüm 9, yüksek başarı yüzdesiyle tüm sosyal yelpazedeki bu tür suçlarla ilgilenmektedir. Gülen adam lakaplı yeni bir a seviyesi bilgisayar korsanıyla karşılaştıklarında ekip tehlikeli bir kedi fare oyununa katılır.