Amanto adı verilen, dış uzaydan gelen uzaylılar dünyayı istila etti ve feodal japonyayı devraldı. Sonuç olarak kılıç taşıma yasaklanmış ve japonya samuraylarına saygısızlık yapılmıştır.

Bununla birlikte Gintoki Sakata artık samuraylara ihtiyaç duyulmadığı bir dönemde yaşayan bir samuraydır. Ona eşlik eden Shinpachi Shimura, gözlüklü ve güçlü bir kalbi olan bir çocuktur, dipsiz bir mideye sahip Kagura ve Büyük köpeği Sadaharu’dur. Bu üçlünün yaptığı garip işler her zaman kolay değildir, çünkü çoğu zaman polisle, sık sık isyancılarla ve suikastçilerle karşılaşarak komik ama talihsiz sonuçlara yol açar.