Kara İsyan’dan bu yana bir yıl geçmiştir. Şuanda kayıp olan maskeli Zeronun liderliğindeki Kutsal Britanya imparatlığı’na karşı başarısız bir ayaklanma olmuştur. Alan 11’in direniş grubu Kara Şovalyeler kendilerini, gelecek isyan umudunu caydırmak amacıyla Britanya tarafından 11’lere uygulanan vahşetle mücadele etmek için kendilerini güçsüz buluyorlar.

Çifte hayatının tüm anıları hafızasından silinen Lelouch Lamparouge, Ashford akademisinde bir lise öğrencisi olarak arkadaşlarıyla birlikte barış içinde yaşıyordur. Olayların gidişatını kabul edemeyen C.C., Zeronun tekrar yükselebilmesi için kaybettiği hatıraları geri getirmeye çalışmaktadır.