Tayland'da, yetkililerin ya da kiliselerin bile yolsuzluk pençelerine dokunmadığı, ahlaksız, suçlu bir şehir olan Roanapur vardır. Hem mahkumlar hem de yozlaşanlar için bir sığınak olan şehir, çoğu zaman yerel suç şebekelerinin desteklediği yasadışı faaliyetlerin ve operasyonların merkezi olmasıyla ünlüdür.

Kederli ve monoton bir hayat yaşayan ortalama bir Japon işadamı olan Rokurou Okajima'ya, nihayet Güneydoğu Asya'ya teslimat gezisi ile hızını değiştirme şansını yakaladığı zaman girin. Rokurou, Roanapur'da faaliyet gösteren Black Lagoon adlı bir paralı asker grubu tarafından yakalandığı için iş gezisi mahvolmuş durumda.Grup, nihayetinde başarısız olan müzakerelerde onu pazarlık çipi olarak kullanmayı planlıyor. Şimdi eski işverenince terk edilip ihanete uğrayan Rokurou, Black Lagoon'a katılmaya karar veriyor. Hayatta kalabilmek için, hızla yeni ortamına uyum sağlaması ve geleceği kan dökümü ve sıkıntı için kendisini hazırlaması gerekir.

Kesintisiz, yüksek oktanlı bir gerilim filmi olan Black Lagoon, insan ahlakının ve erdemin derinliklerine uzanıyor. Tanık Rokurou, yavaş yavaş işadamından acımasız paralı askere dönüşürken değerlerini ve felsefelerini sağlam tutmakta zorlanıyor