Elli yıl önce, Ultraman olarak bilinen dünya dışı bir ışık devi dünyayı kurtuldu ama ortadan kayboldu. Ultraman'ın ev sahibi Shin Hayata kahraman olarak geçirdiği zamana dair hiç bir anısı kalmamıştır. Hayata'nın küçük oğlu Shinjirou normal bir insandan daha güçlü ve dayanıklı bir bedenle doğmuştur.Ultraman'a yardım eden örgüt olan SSP Hayata'nın geçmişini ona açıklar. Babası daha sonra Ultraman rolünü bir kez daha üstlenerek bir güç kıyafeti giyer. Bir gece Shinjirou, Bemular adlı bir uzaylı tarafından saldırıya uğradığında savaşta ağır şekilde yaralanan babası tarafından kurtarıldı. Tehlikeli uzaylıların şehirde gizlenmesi ve Hayata'nın görev dışı kalmasıyla meşaleyi almak için Shinjirou'ya düşer. Ancak yeni Ultraman olarak SSSP ile çalışırken, Shinjirou insanlara yardım etmek için ne kadar ileri gitmeye istekli olduğunu merak etmektedir.