Dördüncü Shinobi Dünya savaşından bu yana iki yıl geçmiş ve dünya birkez daha uyum içindedir. Başka bir tehdit bir kez daha yüzeye çıkıncaya ve gezegeni bir kez daha yıkımın eşiğine sokana kadar.

Yaklaşan felaketin ortasında, Hinata'nın kız kardeşi Hanabi aniden kaçırılır. Naruto yenetenki ninjaladardan oluşan bir ekiple birlikte; Sakura, Sai, Shikamaru ve Hinatayla birlikte Hanabiyi kaçıran Ootsutsuki Tenerinin elinden kurtarmak için yola çıkarlar. Hanabiyi kurtarmaya yaklaşırken, sadece birbirleriyle olan ilişkilerini test etmekle kalmayım aynı zamanda gezegenin kaderini belirsizlikle karşı karşıya bırakan bir çok rakiple savaşmak zorunda kalıyorlar. Zaman ilerledikçe, takım son savaşı bitirmek, barış içinde yaşamak ve aşk için mücadele ediceklerdir.