Kendi kendini çılgın bilim adamı olarka ilan eden Rintarou Okabe, eski benliğinin kabuğu haline gelmiştir. Arkadaşı Makise Kurisu'yu kurtarmayı başaramadından depresyona girdi ve travme geçirdi ve çılgın bilim adasını egosunu değiştirmek için sıradan bir üniversite öğrencisi olarak yaşamaya karar verdi. Zaman yolculuğu deneyimlerinin çok azını bilen arkadaşlar tarafından çevrili Okabe günlerini sadece maceralarının korkularını unutmaya çalışarak geçiriyor.
Bir kolej teknoloji forumunda resepsiyon görevlisi olarak çalışırken, Okabe kısa, eğriltilmiş Maho Hiyajo ile tanışır. daha sonra Profesör Alexis Leskinen tarafından yürütülen forum sunumunda tercüman olarak ortaya çıktı. Şaşkın bir kalabalığın önünde, Alexis ve Maho, bir kişinin hatıralarını saklayabilen ve kişiliği ve tuhaflıklarıyla tamamlanan mükemmel bir simülasyonu yaratabilen devrim niteliğindeki bir AI olan Amadeus'u tanıtıyor. Sunumdan sonra Maho ve Alexis ile bir araya gelen Okabe, ikisinin Kurisu'nun meslektaşları olduğunu ve onu Amadeus'ta simüle ettiklerini öğreniyor. Simülasyonun davranışını araştırmak için Alexis tarafından tutulan Okabe'ye uzun süredir kayıp olan sevgili bir arkadaşın gölgesiyle etkileşim kurma şansı verildi. Geçmişte tehlikeli bir şekilde karışık olan Okabe, sert gerçeklerle yüzleşmeli ve zamanın doğal akışını bozan felaket sonuçların çevresinde dikkatlice manevra yapmalıdır.