On yıl önce, insanlar, tanrılar ve iblisler, devasa ejderha Bahamut'un tehdidine karşı durmak için güçlerini birleştirmeleri sayesinde şu sıralar başkent Anatae'de yaşan insanlar sakin bir hayat sürmektediler. Tanrılardan bir güç çalan ve başkentteki iblis ırkının kötüye kullanılmasına ve köleliğe izin veren yeni atana kral Charioce XVII'nin yönetiminden kaynaklanmaktadır. İnsanlar iblisleri ahlaksız bir şekilde sömürmeye devam ettikçe insalara karşı iblislerin ayaklanma tehdidi oluşmuştur.Tüm bunların arasında, genç ve neşeli bir ödül avcısı olan Nina Drango, yerleşip hayatını kazanma umuduyla Kraliyet Başkenti'ne gelir.başkentteki barışçıl hayatı, insanlardan intikam almaya kararlı olan uğursuz Rag Demon ve iç ahlaki bir çatışmayla savaşan asil bir şövalye olan Kaisar Lidfard ile yolları kesiştiğinde hızla kaosa sürüklenir.
Shingeki no Bahamut: Virgin Soul, insanlar, tanrılar ve iblisler arasındaki sosyal ve ahlaki çatışmanın ve hayatta kalma ve egemenlik mücadelelerinin hikayesini anlatmaktadır.