Yato ve Yukine nihayet Tanrı ve Regalia olarak ilişkilerini düzelttiler ve herkes günlük yaşantısına geri döner. Yato, bir gün milyonlarca ibadet eden ve kendi büyük türbesine sahip olma umuduyla beş yeninin garip işlerini sürdüren küçük ve bilinmeyen bir tanrı olmaya devam ediyor. Hiyori Iki, ruhunu henüz Yato ya düzelttiremedi, ancak hayattan zevk alıyor ve yine de liseye gitmeye hazırlanıyor.

İlk sezondan hemen sonra yer alan Noragami Aragoto, Yato ile savaş tanrısı Bishamon arasındaki karmaşık geçmişe geçiyor. Dişi tanrı, aralarında şiddetli çatışmalarla sonuçlanan Yato'ya karşı gizemli bir kin tutuyor. Bishamon'un en güvenilir ve sevilen Regalia'sı Kazuma'nın Yato'ya borçlu olduğu görülüyor. Hayatlar çizgideyken, bu gizemleri ve diğerlerini çözmek, geçmiş hataları düzeltmenin tek yolu olabilir.