Uzun zaman önce çok güçlü bir şeytan tilki dokuz kuyruğu ile ortaya çıktı. Güçlü kuyruğu ile dağları parçayabilir, Tsunami yaratabilirdi. Bir grup ninja saldırıya karşı kasabalarını savundu. Çok güçlü bir ninja olan 4. hokage hayatını feda ederek canavarı bir bebeğin içine mühürlemeyi başardı.

İçine Dokuz kuyruklu şeytan tilki(kyubi) mühürlenen Naruto Konohagakure’de yaşan hiperatif ve haylaz bir çocuktur. Köydeki insanlar içindeki kyubi yüzünden narutodan korkmaya başlamış ve narutoyu dışlamıştır. Naruto kendini köydeki insanlara kabul ettirmek ve ilgi çekmek amacıyla çeşitli yaramazlıklar yapmaktadır.

Köyün en güçlü ninjası yani hokagesi olmayı hedefleyen naruto Ninja akedemsinin ilk bölümünü bölümünü bitirip genin olan arkadaşları Sakura ve Sasuke ile yeni yeni maceralara atılırlar.