Teikou Ortaokul basketbol takımı, benzersiz yeteneklere sahip beş seçkin oyuncu sayesinde üst üste üç yıl şampiyon oldu. Ancak mezun olduktan sonra "Mucize Nesil" olarak bilinen bu takım arkadaşları kendi yollarını çizmeye başlarlar. Artık takım arkadaşları olan bu beşli birbirlerini rakip olarak görmektedirler.

Takıma yeni katılan iki birinci sınıf öğrencisi, ABD'den dönen gelecek vaat eden bir oyuncu olan Taiga Kagami ve varlığı yokluğu fark edilmeden hareket etmesine izin veren görünüşte sıradan bir öğrenci olan Tetsuya Kuroko artık Seirin Lisesi için forma terletecektir. Kuroko, ortaokulda sayı alamamış olsa da Teikou basketbol takımının bir üyesiydi ve burada topu kolayca rakipten geçiren ve takım arkadaşlarına yardım eden "Hayalet Altıncı Adam" olarak oynamıştı.

Kuroko no Basket, Interhigh Şampiyonasını kazanarak en iyi Japon lise takımı olmaya çalışan Seirin oyuncularının yolculuğunu anlatmakta. Hedeflerine ulaşmak için, Kuroko ve Taiga'nın yenmek için tanrısal yeteneklere sahip beş oyuncudan birine sahip birkaç güçlü takımla yolları kesişmeleri ve yenmeleri gerekiyor.