Uçsuz bucaksız bir kum deniziyle kaplı bir dünyada, Çamur Balina olarak bilinen bir ada-gemi bu dünyada gezmektedir. İç kısmında, ‘’İşaretliler’’ adı verilen doğaüstü güçleri olan ancak erken yaşta ölüme mahkum edilen bir halk vardır. Chakuro, bu köyün arşivcisidir; genç ve meraklı, zamanını yeni keşfedilen adaların keşfini belgelemekle geçirmektedir. Ancak gittiği her adada hiçbir insanla karşılamamıştı.

Bir süre sonra yeni ada keşfedilir, bu yüzden Chakuro ve arkadaşları keşif grubuna katılıyor. Sefer sırasında, bir medeniyetin izlerini bulurlar. Chakuro, parçalanan kalıntılarından birinin içinde kaderini ve Çamur Balina'nın içindeki dünyayı değiştirecek bir kız keşfeder.