Kötü yaşam tarzı seçimleri nedeniyle, yaşlı bir insanın vücudu sürekli kargaşa içindedir. Vücut içinde mikroplar, bakteriler ve yabancı maddeler bol olduğundan, çeşitli hücrelerin işleri giderek zorlaşır ve tehlikeli hale gelir. Bu kaotik ortamda olgunlaşan talihsizlerin bir kısmı olarak Sekkekkyuu AA2153 ve Hakkekkyuu U-1196 görevlerini yerine getirmeye çabalamaktadırlar. Hatta bir çok hücre arkadaşının görevde hayatını kaybetmesi anlamına gelse bile.

Ana hikayesinden çok farklı bir ortamda geçen Hataraku Saibou Black, hücrelerin vücut sağlığını korumaya çalışırken verdiği mücadeleyi anlatıyor. Ancak, bu insanın durumu kötüleşmeye devam ediyor ve bu çabaların somut bir şey olup olmayacağı hücrelere bağlı!