Uzun, uzun zaman önce, Invertia olarak bilinen destansı bir felaket dünyanın güç dengesini yerle bir oldu. Bu felaketi izleyen yıllarda Entegre İşletme Vakfı olarak bilinen bir grup iktidara geldi. Bu büyük değişime ek olarak, Genestella olarak bilinen şaşırtıcı fiziksel becerilere sahip yeni bir insan ırkı da ortaya çıkmış ve insanlığın saflarına katılmıştır.

Gakusen Toshi Asterisk, dünyadaki Genestella öğrencileri için en seçkin altı okuldan birine (Seidoukan Akademisi) yeni transfer olmuş ve bilinen eğlence savaşlarında birbirleriyle mücadele etmeyi öğrenen bir öğrenci olan Ayato Amagiri'nin hikayesini izliyor.

Daha ilk gününden bir Strega ya da diğer ismiyle herkesin prenses diye adlandırdığı bir cadıyla çok kötü bir biçimde karşılaşan karakterimiz kendini bir anda bir savaşın içinde buluveriyor.