Gelecekte, Gadoll olarak bilinen yaşam biçimleri aniden insanlık için bir tehdit olarak ortaya çıkar. Dünyada hayatta kalan son insanlar, devasa ve hareket edebilen kale olan Deca-Dence'in içine yerleşirler. Deca-Dence’in üst katlarında yaşayan Gearlar, Gadoll tehditlerinde savaşmak için dışarı çıkarlar. Deca-Dence’in alt katlarında yaşayan Tankerlar ise savaş bittikten sonra zırh temizliği, gadoll eti kesmeleri gibi konularda Gearlara destek olmaktadırlar.

Başkahraman Natsume, protez sağ kolunun farkına varmadan, savaşta Gears'a katılan az sayıdaki Tanker askerine katılmaya çalışmaktadır. Ancak Natsume'un kaydı onaylanmaz. Mecuren bir işte çalışması gereken Natsume, Kaburagi liderliğindeki bir zırh onarım ekibinde temizlikçi olarak işe başlar. İdealist astına karşı başlangıçta soğuk olmasına rağmen, kısa sürede onun potansiyelini fark eder. Natsume'nin yeni akıl hocası Kaburagi, onu sistemde oyunun kurallarını değiştiren bir hata olarak özel ve benzersiz role hazırlar.