Ay'da bir hiper kapının keşfi bir zamanlar insan ırkının Mars'a ışınlanmasına izin verdi. Oraya yerleşmeyi seçenler, kendi gezegenlerinden "Aldnoah" olarak adlandırdıkları teknolojiden çok daha ileri bir teknolojiyi ortaya çıkardılar. Bu keşif, Marsta Vers İmparatorluğu'nun kurulmasına ve “Terranlara” karşı Dünya'da kalanlara karşı savaş ilan edilmesine yol açtı.Ancak, daha sonra "Cennetin Güzi" olarak adlandırılan aydaki bir savaş, köprünün patlamasına, ayın tahrip olmasına ve iki gezegenin huzursuz bir ateşkes oluşturmasına neden oldu.

Ancak onların barış kırılgandı.On beş yıl sonra, lise öğrencisi Inaho Kaizuka, imparatorluk ile anavatanı arasındaki ilişkiyi onarma umuduyla Dünya'ya gelen Vers İmparatorluğu'nun Prenses Asseylum Vers Allusia'nın suikastine tanık oldu. Ateşkes bozuldu ve Marslılar bir kez daha Terranlara savaş ilan ettiler. Bu aşılmaz düşmanın karşısında, Inaho ve arkadaşları şimdi savaşı bir kez ve herkes için halletmek için Vers İmparatorluğu'na karşı savaşmalılar.