Takashi Natsume, çocukluğundan bu yana dünya üzerinde gezinen ruhları görebilmektedir. Bu yeteneği yüzünden çocukluğu zorluk ve yalnızlık içinde geçmiştir. Çocuk yaştayken annesini ve babasını kaybeden Takashi’nin bakımını akrabaları üstlenmiştir. Fakat Takashi çevresinde garip hayaletler gördüğünü anlattığında kimse inanmayıp, dışlanmaktadır. Bu sebepten dolayı akrabaları arasında sürekli bir oraya bir buraya taşınan Takashi’yi en son çocukları olmayan Shigeru ve Touko Fujiwara çifti yanına alır. Bu çift, Takashi’nin kaldığı diğer ailelere nazaran daha sıcakkanlıdır ve bu sefer Takashi onları üzmemek için ruhları gördüğünü kendine saklamaya karar verir.

Takashi’ye ruhları görme özelliği büyükannesi Reiko Natsume tarafından miras kalmıştır ve miras kalan bir başka şey de Yuujinchou adı verilen Arkadaşlar Kitabı’dır. Bu kitap ruhlar dünyasında çok değerlidir. Çünkü Reiko Natsume alt ettiği her ruhun adını bu kitapta toplamıştır ve bir ruhun ismine sahipsen o ruhun efendisi olabiliyorsundur. Lakin Natsume, büyükannesi gibi ruhların isimlerini toplamaktansa onlara isimlerini geri vermeyi uygun görür. Ama bu o kadar kolay değildir çünkü ruhların efendisi olmayı isteyen kötü ruhlar da bu kitabın peşindedir. Günün birinde Takashi kazara küçük bir tapınağa hapsedilmiş olan Madara adındaki güçlü bir ruhu serbest bırakır. Kedi görünümü ile insanlara da gözükebilen Madara’ya Takashi insanlar arasında seslenebilmek için Nyanko-sensei ismini takar. Çok geçmeden Takashi ve Madara birbirlerine ısınır ve aralarında bir anlaşma yaparlar. Bu anlaşmaya göre Madara, Takashi ölene kadar onun korumalığını yapacaktır ve öldüğünde de Arkadaşlar Kitabı’nın sahibi olacaktır.