Bilinmeyen ve insanlık tarafından korkulan şekilsiz olanlara zamanla Mushi denmeye başlamıştır. İnsanlara karşı hiç bir kötü niyetinin olmamasına rağmen, varlıklarının ve tuhaf doğalarının yan etkilerinden etkilenmektedirler. Mushiyi anlamadan kasıtsız olsa bile kullanmak herhangi bir kişi için felakete yol açabilir. Mushishi Zoku Shou, görünür dünyanın Mushi ile bir arada yaşamasına yardım etme yolculuğunda Mushishi Ginko'nun hikayesini anlatmaktadır.
Ginko, seyahatleri sırasında, garip varlıklar hakkında daha fazla şey öğrenmeli ve Mushi ile insanlık arasındaki karmaşık ilişkilere müdahale edip edemeyeceğine karar vermek zorundadır.