Cross Akademisi 2 farklı sınıftan oluşmaktadır: Gündüz Sınıfı ve Gece Sınıfı. Neşeli Yuuki Cross ve Hırçın Zero Kiryuu bu aademinin disiplin kurulu üyeleridir. Okuldan çıktıktan sonra sınıflar arasına destek vermekle görevlidirler. Bu görev zor görünmesede Gündüz sınıfı ile Gece sınıfı arkasındaki gerçeğin farkında değildirler.

Yuuki On yol önce Safkan bir vampir olan Kaname Kuran tarafından saldırıya uğramıştır. Şuanki Gece sınıfının Lideri olan Kuranla Görevi yüzünden Yuuki ile karşılaşırlar. Yuukinin duyguları karmakarışık bir hal gelir. Bu esnada Zero, tüm vampirlerden nefret etmektedir ve insanlarla vampirlerin uyum içinde yaşayamayacaklarına inanır. Zeronun geçmişinden gelen bir sır, akademideki herkesin kırılgan barışını tehdit ediyor ve işleri bir daha aynı olmayabilir.