"Ajin" olarak bilinen gizemli ölümsüz insanlar, ilk 17 yıl önce Afrika'da ortaya çıktı. Yapılan keşiflerinin ardından, güçlerini kötülük için kullanabilecekleri ve yok edilemeyecekleri için insanlık için bir tehdit olarak görüldüler. O zamandan beri, ne zaman bir Ajin toplum içinde ortaya çıksa hemen tutuklanmalı ve gözaltına alınmalıdır.

Doktor olmak için çok çalışmakta olan Kei Nagai, Ajin hakkında çok az şey bilen ve sadece haberlerde şu anda göründüklerini görmüş olan bir lise öğrencisidir. Öğrencilere bu canlıların insan olarak kabul edilmediği öğretilmektedir. Kei’nin bir Ajin olarak yeniden doğuşuna ve işkence yapıldığı günlerin başlangıcını işaret etmektedi.